麦冬主要虫害是根结线虫。防治方法：实行与禾本科作物轮作，前作或间作物不选甘薯、豆角、土豆等根性蔬菜；结合整地每亩施20%甲基异硫磷乳剂或5%颗粒剂250-300克，做成毒土撒于畦沟内，翻入土中，可防治线虫。蛴螬在8-9月发生，用90%敌百虫200倍液喷杀即可。
黑斑病病原菌是真菌中一种半知菌，发病初期叶尖变黄并向下蔓延，产生青、白不同颜色的水浸状病斑，后期叶片全部变黄枯死。防治方法：选用无病种苗，栽前用1：1：100倍波尔多液，或用65％代森锌可湿性粉剂500倍液浸种苗5分钟；加强田间管理，及时排除积水；大田发病期可割去病叶，喷1：1：100倍波尔多液，每隔10～14天1次，连续3～4次。
根结线虫病病原是圆形动物门线虫纲的一种根结线虫，主要危害根部，造成瘿瘤，使结麦冬的须根缩短，到后期根表面变粗糙，开裂，呈红褐色。剖开膨大部分，可见大量乳白色发亮的球状物，即为其雌性成虫。防治方法：实行轮作，有条件的地方可水旱轮作，避免与烤烟、紫云英、豆角、芋头、红薯、瓜类、罗汉果、白术、丹参、颠茄等作物轮作，最好与禾本科作物轮作；选用无病种苗，剪净老根；选用抗病品种，如大叶麦冬、沿阶草、四川遂宁麦冬；进行土壤处理。
蛴螬、蝼蛄、金针虫、地老虎等防治方法参见人参病虫害及其防治部分。