防治病毒病首要认为是防治住白粉虱。白粉虱会携带病菌，不断地进行传播病毒。农户可以定期喷洒噻虫嗪、烯啶虫胺等杀虫剂，中间可以交替着用药剂。喷洒防治病毒病的药剂，如盐酸吗啉胍、氨基寡糖素等，按照说明喷施，可与防白粉虱的药剂混用。已有叶片矮小的植株，除喷药外，还要补充锌、铁元素等营养元素，促进植株恢复生长，加上植物生长调节剂提高植株长势。
选用抗病、耐病品种，实行无病毒种子栽培。播种前用清水浸种30分钟，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40—50分钟，捞出后用清水冲净后再催芽播种，或用0.1%高锰酸钾浸种30分钟。实行轮作换茬，避免间套作和连作，减少和避免西红柿病毒病土壤和残留物的传毒。育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂草，推广配方施肥技术，喷施爱多收6000倍液，增强寄主抗病力。
初期喷药控制，在发病初期(5—6叶期)开始喷药保护，药剂为3.85%病毒必克500倍液进行叶面喷雾，药后隔7天再喷1次，连续喷3次。也可用1.5%植病灵800倍液，或20%病毒A500倍液喷雾，还可用5%菌毒清水剂400倍液，或高锰酸钾1000倍液。早期防蚜虫、粉虱，育苗地和栽植地尽早应用吡虫啉或高效大功臣喷药防治杂草、周边蔬菜上的带毒蚜虫、粉虱，杜绝蚜虫、粉虱等昆虫媒介传播，尤其是在高温干旱年份要注意及时喷药防治蚜虫、粉虱等，可有效地预防侵染，减轻西红柿病毒病的发生危害。
种植番茄时要预防病毒病，应进行农业加药剂防治的措施。如将种子进行消毒，并实行轮作，在生长中适当浇水和喷水，雨后及时排水，并增施氮肥。发病后使用盐酸吗啉胍乙酸铜可湿性粉剂和宁南霉素水剂、菌毒清水剂进行喷施。防治西红柿的病毒病首要是先把传播途径控制好，即要把蚜虫或烟飞虱等害虫打死，减少人为打叉等的传播，发病初期用辛菌吗啉呱加噻虫嗪加芸苔素来喷施处理。
