该病为真菌病害，由立枯丝核菌引起，主要发生在番茄的幼苗期，尤其是育苗后期。病菌在土壤或病株残体上越冬，翌年通过雨水、灌溉水、农具及带菌堆肥传播。病菌发育适温为17〜28°C，在12°C以下或30°C以上时受抑制。高温、高湿条件下病害易发生，连作、密度大等因素也会诱发病害。
幼苗染病后，茎基部出现褐色凹陷病斑，初期茎叶白天萎蔫，夜间恢复，反复数日后病株枯死。发病条件包括土壤水分过多、施用未腐熟有机肥、播种过密、间苗不及时、幼苗生长衰弱、土壤呈酸性等。育苗期间阴雨天气多时发病较重，最适发病温度为20℃左右。浙江及长江中下游地区发病盛期为2月。
番茄立枯病又称黑根病、烂根、腰折病，侵染幼茎茎基部，条件适宜时迅速扩展绕茎一周，导致茎基腐或根腐。发病原因包括温度过高或过低、湿度过大、排水不良、通风不畅、管理不当、施肥不当、病虫害防治不及时等。年度间早春多寒流、多阴雨或梅雨期间多雨的年份发病重；晚秋多雨、温度偏高的年份发病也重。苗床间旧床、排水不良的发病较早较重。栽培上，用种过密、通风透光差、浇水过多、氮肥施用过多的苗床发病重。
此外，授粉受精不良、养分供应不足、水肥失当、植株徒长、果实养分运输受阻等因素也会影响番茄生长。保花保果激素的使用时间不当，如不在开花前3天和后3天的反应期内使用，容易形成僵果。
