青枯病由布克氏杆菌细菌引起，病菌随寄主病残体遗留在土壤中越冬。若无寄主也可在土壤中存活14个月，最长可达6年之久。病菌通过雨水、灌溉水、地下害虫、操作工具等传播，多从寄主根部或茎基部皮孔和伤口侵入。前期属于潜伏状态，条件适宜时，即可在维管束内迅速繁殖，并沿导管向上扩展，致使导管堵塞，进一步侵人邻近的薄壁细胞组织，使整个输导管被破坏而失去功能。茎、叶因得不到水分的供应而萎蔫。
土温20°C时病菌开始活动，达25°C时病菌活动旺盛，土壤含水量达25%以上时有利病菌侵人。雨后初晴，气温升高快，空气湿度大，热量蒸腾加剧，易促成此病流行。土壤酸性或钾肥缺乏有利此病发生。辣椒青枯病在土温达到20℃-25℃、气温达到30℃-37℃、土壤含水量达25%以上时发病严重。当大雨骤晴，气温迅速升高，湿度大，蒸腾量大时，病菌活动旺盛，病株增加，为害严重。病菌在土壤酸碱度为6.6时适宜发育。
病菌主要随病残体在土壤中越冬，在病残体上营腐生生活。翌年越冬病菌借助雨水、灌溉水传播，从寄主的根部或茎基部的伤口浸入。病菌一开始就在维管束的螺纹导管内繁殖，并沿着导管向上蔓延，以致堵塞导管致使叶片萎焉。病菌也可透过导管，进入邻近的薄壁细胞内，使茎上出现水渍状不规则病斑。当土壤温度达20℃时，出现发病中心，25℃出现发病高峰，久雨或大雨后转晴，气温升高，病情加重。
