追肥时，用户将有机肥当作化肥使用，未能及时盖土，导致肥料仅停留在土壤表面，无法与土壤充分接触，无法起到改良土壤的效果。日晒雨淋下，有益的微生物无法发挥作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等功能均无法体现。有机肥的最佳使用方式应配合无机肥作为基肥使用，最好与土壤混合，但至少应避免裸露在土壤表面，如采用沟施穴施等方法。
有些用户担心肥效不足或急于见效，在使用时将有机肥与作物直接接触，这种做法会导致烧苗，严重时甚至会导致植株死亡。施用新鲜粪便如同厂家销售未腐熟的有机肥，但问题更加严重。有机肥营养全面，养分含量低，肥效缓慢，其主要作用在于促进微生物活动，改善土壤理化性质，改良土壤。若施用未腐熟的农家肥，还会带来病虫害。