辣椒进入开花结果期，长势开始变弱，易发多种病害和虫害，直接影响果实产量和品质。常见的病害包括青枯病、病毒病、枯萎病、灰霉病、早疫病、疫病、细菌疮痂病、白星病、炭疽病、菌核病等；虫害主要有螨类、红蜘蛛、黄蚜、钻心虫、白粉虱、菜青虫等。对结果后显著衰弱下垂的结果枝要进行适当回缩，对树冠内萌生的徒长枝，有生长空间的要采取摘心、扭梢等措施控制其营养生长，没有生长空间的徒长枝要及时处理。
疫病是由疫霉菌引起，症状为叶片出现黄褐色斑点，逐渐扩大变黑，叶片脱落，果实皮变褐并腐烂，严重时会导致整株植株死亡。疮痂病由真菌引起，症状为果实表面出现黑色凸起的疮痂，病变部位逐渐扩大，导致果实变形、腐烂、掉落。
