蛋白质种类不同其消化率不同，如羽毛粉和豆粕，羽毛粉含蛋白质86%，但仅有30%-40%可以被消化；而豆粕的蛋白质含量只有40%-47%，其消化率却达到79%以上。若仅以蛋白质总量为评价依据，羽毛粉极具吸引力，但在日粮中大量使用时，会因消化率低而影响獭兔生长。秸秆、干草、花生皮等含有大量纤维素，当此类饲料在日粮中所占比例过大时，不仅自身难以消化，还会降低蛋白质的消化吸收。一般日粮的粗纤维水平不超过17%为宜。在饲料生产加工中，长时间加热会降低其蛋白质的可消化率。如豆饼蒸煮时间过长，会破坏赖氨酸的正常结构，使赖氨酸发生环化反应，从而降低蛋白质的消化率。很多农副产品含有蛋白酶抑制因子，使蛋白质消化率降低。如生马铃薯含糜蛋白酶抑制因子，生大豆含胰蛋白酶抑制因子，当马铃薯和大豆被加热熟化后，这两种蛋白酶抑制因子被灭活，蛋白质的消化率提高。