番茄苗期最主要的病害有猝倒病、立枯病、茎基腐和晚疫病。药剂拌种可选择恶霉灵、多菌灵、甲霜灵、代森锰锌、菌核净等药剂按照说明使用。药剂处理可选择多菌灵、百菌清、瑞毒霉(甲霜灵)、代森锰锌、恶霉灵、菌核净、灰霉净、敌克松、普力克等。
猝倒病在幼苗出土后遇到连续阴天降雨最易发生，茎基部生水渍状病斑，继而绕茎缢缩，幼苗倒伏死亡。防治方法是避免阴雨天浇水，及时放风防止空气湿度过大。可喷施72.2%的普力克水剂600倍液，或60%的氟吗锰锌可湿性粉剂800倍液防治。
立枯病是由于立枯丝菌核引起，播种过密或间苗不及时，温度过高时发病重，多在定植后发生。表现为病茎基部颜色变褐，后病部变细缢缩，茎叶萎蔫，最明显的症状是幼苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，幼苗逐渐枯死，不倒伏。可喷施20%的甲基立枯磷乳油1000倍液或95%的恶霉灵原药3000倍液防治。
晚疫病苗期易发生，西红柿定植后，夏季雨水多，棚膜覆盖不严，雨水进棚易引发晚疫病。发病迅速，如不及时防治，很快死亡。晚疫病会使幼苗茎秆变细呈黑褐色，致全株萎蔫或倒地而亡，湿度大时病部表面生白霉。防治的药剂同猝倒病。
