菜豆根腐病是菜豆常见且为害较重的病害，主要为害根部和茎基部，以维管束变褐、地上茎叶萎蔫为主要特征。防治方法如下：
合理轮作：与非豆科蔬菜轮作2年以上，可抑制土壤菌的积累，特别是与白菜类或葱蒜类蔬菜轮作效果更好。
加强栽培管理：采用高畦或深沟栽培，防止积水；避免大水漫灌和大雨淋溅，采用地膜覆盖；发现病株及时拔除，并在四周撒石灰消毒。
药剂防治：发病初期及时喷药，可用70%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液灌根，每株灌液量250毫升，7~10天再灌一次。也可用以下药剂喷洒，如70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或77%可杀得可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍加70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍混合用药，以上药剂每隔10天喷一次，连喷2~3次。注意喷射茎基部，喷洒量稍大一些，能沿茎蔓下滴为宜。
苗床处理：在未种过菜豆的田块用大田土育苗。每平方米苗床选用50%多菌灵可湿性粉剂、50%苯菌灵可湿性粉剂或70%敌克松可湿性粉剂8克消毒。
栽培管理：与十字花科、百合科蔬菜轮作3—5年，高畦或半高畦栽培；浚沟培土，松土除草；雨后及时排水，不能大水漫灌；施用腐熟有机肥，增施磷钾肥；及时拔除病株并带出田外深埋或烧毁，病穴及四周撒生石灰消毒。
药剂防治：发病时，用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液对茎基喷雾，每隔7-10天喷一次，共喷2—3次；或者选用12.5%治萎灵水剂200-300倍液、60%防霉宝可湿性粉剂500-600倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、70%敌克松可湿性粉剂800-1000倍液、根腐灵300倍液等灌根，10天后再灌一次。
地块选择：在种植时选择利水、干燥的地块，根腐病发生率相应低一些，防治可选用多菌灵、甲基托布津、百菌清等药剂。