发病初期喷淋72%普力克水剂400倍液，每平方米喷淋兑好的药液2-3升，或15%恶霉灵水剂450倍液，每平方米3升。主要病害有炭疽病、疫病、病毒病、青枯病、根腐病、猝倒病、灰霉病、立枯病等。主要虫害有烟青虫、蚜虫、茶黄螨、蓟马、蛴螬、蝼蛄、地老虎等。辣椒苗期易受多种病原菌的复合侵染，发生多种病害，如立枯病、猝倒病、灰霉病、菌核病、疫病等。如不提早防治，轻则形成病弱苗，重则造成苗床毁灭。
斑驳花叶型主要表现为植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。畸形丛枝型主要表现为叶片畸形丛生，叶脉褪绿，出现斑驳、花叶，叶片增厚、变窄呈线状，茎节间缩短，有时枝条丛生，后期植株矮化，果实上呈现深绿色和浅绿色相间的花斑，有疣状突起，果实畸形，易脱落。
发病条件：在高温、强光、干旱及有蚜虫为害情况下容易发病，6月上旬为病毒病易感期，果实膨大期缺水干旱，土壤中缺钙、钾等元素，易发病。防治方法：在发病前对蚜虫的控制是关键。可以使用千红1500倍液、神约2000倍液、特福力3000倍液，同时使用0.1%-0.3%硫酸锌溶液或纽萃锌1500倍液进行喷雾增强抵抗能力，减少病毒病发生。若发病，在发病初期可使用病毒A500-750倍液、康润Ⅱ号1500倍、太抗300-500倍液喷雾，间隔7-10天用药1次。
辣椒育苗当中需要注意如果是保护地育苗需要防治地下害虫。不管保护地育苗还是漂浮育苗，都需要防治辣椒的青立枯病。辣椒病害有立枯病、枯萎病、青枯病、根腐病、病毒病等。辣椒的虫害有烟青虫、马铃薯飘虫、斜纹夜蛾、小地老虎等。
