木耳种植过程中常见的病虫害包括青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病，以及菇蚊、马陆、蛞蝓、螨类等虫害。这些病虫害主要是由于栽种过程中某些环节处理不到位，导致其有机可乘。一旦出现这些病虫害，会对木耳质量造成严重危害，可能引发红根、畸形、烂耳等现象，给种植户带来损失甚至血本无归。
防治措施如下：
1.使用洁净的水进行木耳生长过程中的搅拌，并适当提高酸碱度，可加入浓度为2-3%的生石灰。
2.接种前对工具和操作物品进行消毒，防止杂菌和病毒入侵。
3.培养料袋装后立即灭菌，常压灭菌时间应达到12小时左右，确保灭菌彻底。
4.定期检查菌种和菌袋是否受到病害侵染，一旦发现立即处理，防止感染健康菌种。同时保持木耳房内通风，尽量将温度控制在20度左右。
5.若木耳出耳期出现小部分霉菌，可用针挑开并撒入消毒液。
6.及时清理残耳，并在种植周围撒上漂白粉进行消毒。
