小麦纹枯病主要发生在叶鞘和茎秆上，拔节后症状逐渐明显。发病初期，地表或近地表的叶鞘上出现黄褐色椭圆形或梭形病斑，随后病部扩大，颜色加深，并向内侧侵害茎部，重病株基部一、二节变黑甚至腐烂，常早期死亡。生长中期至后期，叶鞘上的病斑呈云纹状花纹，严重时包围全叶鞘，使叶鞘及叶片早枯。田间湿度大、通气性差时，病鞘与茎秆之间或病斑表面常产生白色霉状物，初期散生土黄色或黄褐色霉状小团，担孢子单细胞，椭圆形或长椭圆形，基部稍尖，无色。
纹枯病的发生分为四个时期：苗期侵染期、返青起身发病期、拔节后蔓延侵茎期、小麦后期枯白穗显症期。该病属于土传性病害，各生育期均可发生。出苗期芽鞘变褐，麦芽枯死腐烂，不能出土。3~4叶期，病苗死苗，初期第一个叶鞘上呈现中央灰白、边缘褐色的云纹病斑，后因抽不出新叶而死苗。返青拔节后，基部叶鞘产生中部灰白色、边缘浅褐色的病斑，多个病斑相连形成云纹状花秆。湿度大时，病叶鞘内侧及茎秆上可见蛛丝状白色菌丝体及黄褐色菌核，茎部发病严重、腐烂，后期易倒伏。后期发病严重的主茎和大分蘖常抽不出穗，形成“枯孕穗”；有的虽能抽穗，但结实减少，籽粒秕瘦，形成“枯白穗”。
