芹菜最适宜种植在灌溉条件较好、矿质养分丰富、保水、保肥能力强、富含有机质的壤土和黏壤土上，以中性微酸土壤为佳。表土层较厚、有机质丰富、保水保肥力强的壤土或黏质壤土是理想选择。在沙壤土上生长不良，还容易出现叶柄空心现象。适宜的土壤pH值为6.0-7.0。
芹菜生长对土壤的要求不十分严格，不论在黏土、黏壤土、壤土、沙壤土或沙土上均能正常生长。以黏壤土和壤土最为适宜，这两种土壤既保水又保肥，且不易板结，芹菜生长健壮，产量高，品质好。黏土虽保水、保肥，但易板结，促使厚角组织发达，影响芹菜品质。沙土容易造成水肥流失，栽植芹菜时要增施土杂肥，以改善土壤结构。同时要勤浇水，追肥要少量多次，以保证芹菜对水肥的要求。芹菜对土壤酸碱的适宜范围较广，在微酸性或微碱性土壤中生长发育都良好。芹菜幼苗不耐土壤盐碱，而成株耐盐碱的能力较强。