苹果树的主要病害有苹果白粉病、根腐病、褐斑病、腐烂病等，主要虫害有叶螨类、蚜虫、介壳虫、金纹细娥、卷叶蛾和金龟子等。许多害虫和病害病原菌都在病叶、病枝上越冬，散落的枯枝落叶是翌年初的侵染源和虫源地，故而应在冬春时节进行清园工作。全园在3月中下旬喷石硫合剂1次，于4月上旬开花前喷1次有机磷杀虫剂，可防治小卷叶虫、根绵蚜、介壳虫、金龟子等害虫。
苹果树容易生腐烂病、轮纹病、干腐病、斑点落叶病、炭疽病、褐斑病以及白粉病，其中腐烂病、褐斑病以及斑点落叶病最为常见。腐烂病发现后可涂波美10度石硫合剂加入护树将军100倍液，褐斑病可用50%退菌特600倍液处理。
苹果病害包括：(1)疮痴病。温湿地区，苹果疮痴病严重。致病菌苹果黑星菌可以通过伤口或借附着胞进入寄主植物。最初是在叶子下表面出现小暗色斑点，随后扩展到叶子上表面。果实上，则由小暗色斑点扩大成褐色病斑。(2)火烧病。
