病菌存在于土壤中,可通过带菌种子进行远距离传播。病菌多在分苗、定植时从根系伤口、自然裂口或根毛侵入,到达维管束并在其中繁殖,堵塞导管,阻碍植株吸水吸肥,导致叶片萎蔫、枯死。高温高湿环境有利于病害发生。病菌以菌丝体和厚坦孢子随病株残余组织遗留于土中越冬,也可在土中进行多年腐生生活。病果种子也能被感染,菌丝潜伏在种子上过冬。番茄苗移植时,如根部或茎部受伤,土壤中病菌即从伤口侵入,后在植株的维管束内蔓延,并产生番茄凋萎素等有毒物质。这种有毒物质随输导组织逐渐扩散,引起叶片发黄。播种带病种子也可引起幼苗发病。