南瓜蔓枯病主要危害叶片、茎蔓和果实。叶片染病时，病斑初为褐色，圆形或近圆形，大小10～20毫米，微具轮纹。茎蔓部病斑呈椭圆形至长梭形，灰褐色，边缘褐色，病斑扩大后可致茎部腐烂，有时溢出琥珀色的树脂状胶质物，干后结成红色到黑色的小黑点，病斑稍凹陷。严重时形成蔓枯，导致果实停止生长。该病多发生在茎基部，也可通过叶柄侵染茎蔓，因此病斑也多发生在节的附近。后期病部干缩、纵裂。
果实染病时，轻则形成近圆形灰白色斑，大小5～10毫米，具褐色边缘；发病严重时，开始时形成不规则褪绿或黄色圆斑，后变灰色至褐色或黑色，最后病菌进入果皮引起干腐，一些腐生菌乘机侵入引致湿腐，危害整个果实。
本病在苗期、伸蔓期至结果期都可发生，以开花坐果期和果实膨大期为发病高峰，果实开始成熟时病害又趋于稳定。其典型症状是萎蔫。幼苗发病，子叶萎蔫或全株枯萎，呈猝倒状。开花结果后发病，病株叶片逐渐萎蔫，似缺水状，中午更为明显，早晚尚能恢复，数日后整株叶片呈褐色腐烂，稍缢缩，茎基部纵裂，裂口处有时溢出琥珀色胶状物。在潮湿环境下，病部表面常产生白色及粉色霉状物，即病菌分生孢子。将病茎纵剖，可见维管束呈黄褐色。
