西瓜的病害主要有猝倒病、立枯病、枯萎病、白粉病及炭疽病等。患猝倒病和立枯病可用多菌灵和绿亨一号进行苗床消毒；患枯萎病可用15%的西瓜重茬剂一号300~350倍液灌根，每次0.5公斤，在定植后3~4片真叶时用药；患白粉病和炭疽病可用百菌清、托布津、粉锈灵等药交替防治。西瓜的虫害主要有蝽象、蚜虫、瓢虫、根蛆及红蜘蛛等，防治药剂可选用阿维菌素、敌敌畏、敌杀死等交替防治，根蛆可用敌百虫灌根。提倡安装杀虫灯和黄板诱杀进行物理防治。根结线虫主要在苗期对植株进行感染，造成较大危害，苗床地应选择无根结线虫的地块。幼苗定植后若发现线虫，可用阿维菌素类药剂如1%螨虫清2000倍液、1.8%阿巴丁3000倍液灌根。大田整地时可选用辛硫磷、二嗪磷、毒死蜱等药剂撒施。
农业防治措施包括：清洁田园，清除瓜田附近的沟路边杂草，减少害虫前期可利用的寄主；注意清除西瓜的病株，将病株拔除集中深埋或烧毁。叶面追肥是肥料施用的重要组成部分，用0.2%磷酸二氢钾结合喷农药时一起混合施用，可增强植株长势和抗病能力，特别是西瓜坐果后，可结合施用农药每次都混合0.3%磷酸二氢钾进行叶面施肥，促进西瓜早熟和增加含糖量，提高品质。若植物长势较弱，可增加0.2%～0.3%的尿素混合喷施。对发病的西瓜植物进行叶面施肥，能减缓病情。
其他防治措施包括：选择抗病品种；确保土壤肥沃，灌排条件较好；进行土壤消毒，药剂拌种；壮苗移栽；科学施肥，增施有机肥和钾肥；加强田间管理，及时防治病虫害和肥水调剂，叶面喷施微量元素，提高抗病能力，促控结合。
