由于黑穗病是种传病害,带菌种子是来年发生病害的重要来源,坚决杜绝发病田块留种,严禁发病区小麦留种和带病种子下田,同时要做好轮作倒茬和种子处理,以确保种子质量,杜绝病害来年再次发生。加强栽培管理,适期播种,促进幼苗早出土,减少病菌侵染的机会从而减少发病。药剂拌种是防治小麦腥黑穗病的最经济有效的措施,冬小麦种子必须经过拌种或者包衣处理方可播种。拌种药剂可选用2%戊唑醇干拌剂或湿拌剂100~150克拌麦种100千克;3%苯醚甲环唑种衣剂100~200毫升拌麦种100千克;2.5%咯菌腈悬浮剂100~200毫升拌麦种100千克。