选用抗病良种是综合防治稻瘟病的中心环节。选用适宜当地抗病良种时，需进行品种抗病性的观察鉴定，并考察其丰产性，经试验示范证明适应当地自然气候条件并具有较高抗性后，再进行大面积推广。选用优质、高产、抗病或耐病品种，注意稻瘟病生理小种变化，以防品种丧失抗病性，最好不用单一品种，可以用2～3个抗病品种搭配种植。
减少菌源是防治稻瘟病的重要措施。及时处理病稻草，集中烧掉，不可用病稻草苫房、盖窝棚、垫池梗或入水口。加强田间肥水管理，合理施肥，防止氮肥使用过多，平整土地，实行合理浅灌，分蘖末期进行排水晒田，孕稻抽穗期浅灌，防止徒长，合理密植，增加株行间通风透光能力。
田间调查与药剂防治是防治稻瘟病的关键。水稻分蘖期前，每逢降雨后进行田间调查，观察有无急性型病斑出现，如有应立即进行药物防治，试药后10天左右，病情仍在发展可再试药一次。如叶瘟于孕穗期才开始发生，病情不重，可结合预防穗颈瘟进行药剂防治。穗颈瘟防治在孕穗末期到抽穗始期进行，不论叶瘟发生轻或重均应进行药剂防治一次，最好在齐穗期再进行一次药剂防治。
科学管理肥、水，既可改善环境条件，控制病菌的繁殖和侵染，又可促使水稻健壮生长，提高抗病性，从而获得高产稳产。注意氮、磷、钾配合施用，基肥、有机肥和化肥配合使用，适当施用含硅酸的肥料，做到施足钾肥，早施追肥，中期看苗、看田、看天巧用施肥技术。硅、镁肥混施，可促进硅酸的吸收，能较大幅度地降低发病率。绿肥埋青量要适当，适量施用石灰可促进其腐烂，中和酸性。冷浸田应注意增施磷肥。
咪鲜胺防治叶瘟时期在7月上、中旬，叶瘟发生初期用药。要预防穗颈瘟在水稻始穗期、齐穗期各喷一次，预防效果明显。
