南瓜的主要病害是病毒病、白粉病。病毒病又叫花叶病，植株发病后，叶片呈花叶状，皱缩、变小，并出现深绿色瘤状隆起斑，果实变畸形，植株明显萎缩矮化。防治病毒较有效的措施是控制和消灭蚜虫，如果发现病株，应及早拨除烧毁，并用石灰消毒，以防蔓延。白粉病多在南瓜生长的中、后期发生，可用粉锈宁、多菌灵、胶体硫等防治。南瓜主要虫害有蚜虫和黄守瓜，可用40%乐果600-800倍液或20%速灭杀丁6000-8000倍液喷杀。
南瓜主要病害有：细菌性缘枯病、疫病、炭疽病、霜霉病、斑点病等，虫害有：蚜虫、黄虫、瓜蝇、夜蛾等。病毒性疾病一般表现为三种类型：第一种是花叶病，叶黄绿，部分突出形成凸起，植株明显矮小，果实小而畸形，果实表面有许多小突起。第二种是收缩性。叶子通常是黄色的，植物的节间缩短和矮化，顶部收缩，导致枯萎和死亡。第三种是蕨类叶型。植物的叶子和一些茎和藤蔓显示出鸡爪，停止生长。主要病虫有：细菌性缘枯病、白粉病、黑斑病、霜霉病、疫病、炭疽病、枯萎病、病毒病、黑星病；主要虫害有：小地老虎、瓜蚜等。而针对不同的病虫害要使用不同的防治方法，如防治疫病，主要在种植前对种子和土壤消毒灭菌处理，平时加强管理，控制温度湿度。南瓜种植、南瓜病害和病害主要由病毒引起，病毒由种子携带，由接触引起的传播，如：吸入性传播病毒、野战作业传播病毒等。高温干旱有利于病毒的繁殖和迁移，也会引起病毒病的传播。
