辣椒疫病在苗期和成株期均可发生，茎、叶、果均可染病。苗期发病时，茎基部呈暗绿色水浸状软腐或猝倒，称为苗期猝倒病。果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，湿度大时长出白色霉层，即病原菌孢囊梗及孢子囊，干燥后形成暗褐色僵果留在枝上。茎部染病时，分杈处变为黑褐色或黑色最常见，尤以茎基部为害最为严重，病斑初为水浸状，后出现环绕表皮扩展的褐色或黑色条斑，病部明显缢缩，造成地上部折倒。
辣椒疫病病菌主要以卵孢子和厚垣孢子在土壤中或残留在地上的病残体内越冬，是典型的土壤习居菌。土壤中或病残体中的卵孢子是主要的初侵染源，再侵染主要来自病部产生的孢子囊，借气流和雨水不断扩展，再次侵染频繁发生，病害发展迅速。病菌可直接侵入或通过伤口侵入，水在病害循环中起重要作用。病害潜育期一般为2-3天（24℃），疫病爆发与土壤积水或突变的气象条件有关，疫病流行需极高的大气相对湿度。
