以幼虫钻入稻茎内为害心叶、生长点或幼穗，心叶抽出后出现小孔或白斑点，被害叶尖变黄褐色，展叶后叶上有若干条细长并列的裂缝；被害幼穗变为畸形或成白穗。水稻稻秆潜蝇危害，伤害后的苗期叶片造成缺刻，抽穗后的稻穗结实率不高呈刷把子一样向天上长，严重的可减产三至五成。幼虫潜入水稻叶片组织内，吃食叶肉，留下表皮，造成不规则的白色斑块。叶组织被破坏后，水分渗入，腐生菌繁殖，引起叶片腐烂。严重时，叶片枯黄腐烂，甚至全株枯死。
稻株心叶未抽出前是一层层的卷成筒状，初孵幼虫钻入稻株茎内后5∼8d出现被害症状，被幼虫为害取食后的心叶抽出展开后，上有椭圆形或长条形小孔洞或白斑点，后发展为若干条细长并列的裂缝，边缘腐烂，叶片破碎成“栅栏”状，被害叶尖变为黄褐色，新叶扭曲或枯萎。裂缝较大时，遇风叶片很容易折断。由于心叶内潮湿，被害心叶抽出展开后有较强的腐臭味。幼虫主要取食心叶及生长点，严重时造成秧苗枯心，甚至整株枯死。稻株受害后期会出现分蘖增多、植株矮化，抽穗延迟、穗头小、秕谷增加等现象，严重影响水稻产量。
水稻幼穗分化期稻杆潜蝇幼虫钻入稻株心部取食穗花，造成穗形残缺不全、稻穗短小白色或出现花白穗；颖花退化、颖壳成白色，并有腐烂表现似退化的颖，形不成正常的谷粒，最终表现为穗部仅少许退化发白的枝梗或畸形小颖壳，稻穗缺枝少粒，呈“刷子头”或不勾头的光头穗、朝天穗现象，严重影响水稻产量。稻杆潜蝇幼虫在水稻株抽穗后为害，对水稻伤害较轻，因幼虫只取食叶鞘，仅造成一点小伤痕，不影响产量。
