大豆紫斑病主要为害豆荚和豆粒,也可侵染叶和茎。苗期染病,叶上产生褐色至赤褐色圆形斑,云纹状。真叶染病初生紫色圆形小点,散生,扩展后形成多角形褐色或浅灰色斑。茎秆染病形成长条状或梭形红褐色斑,严重的整个茎秆变成黑紫色,上生稀疏的灰黑色霉层。豆荚受害形成圆形或不规则形病斑,病斑较大,灰黑色,边缘不明显,干后变黑,病荚内层生不规则紫色斑,内浅外深。豆粒受害,仅在种皮表现出症状,不深入内部;病斑形状不定,大小不一。症状因品种及发病时期不同而有较大差异,多呈紫色,有的呈青黑色,在脐部四周形成浅紫色斑块,严重的整个豆粒变为紫色,有的龟裂。大豆进入到生长中后期,如果感染了大豆紫斑病,那么豆荚、豆粒也会被感染。会在豆荚上产生接近圆形的病斑,颜色为灰黑色,没有明显的病健分界现象,但是会侵染到豆荚内的豆粒,造成豆粒的表皮变成不规则形状的紫色病斑,严重发生情况下会造成豆粒出现龟裂,失去商品价值。