菠菜枯萎病一般在成株期发生较为严重，但幼苗至收获期均可发病。发病初期，老叶变暗失去光泽，叶肉逐渐黄化，根部逐渐变褐枯死。发病早的植株明显矮化。天气干燥、气温高时，病株迅速萎黄。在潮湿低温条件下，病株可继续存活一段时间，有时可长出新的侧根，但一遇高温天气就会迅速枯死。
幼苗发病时，子叶凋萎接着枯死。真叶4～6片时到收获期发病，老叶变暗失去光泽，叶肉逐渐黄化，逐渐向上扩展，向下发展则自主根、侧根的前端或侧根基部变茶褐色至黑褐色，导管变褐。变褐导管内可观察到病原菌的菌丝及小型分生孢子。严重时主根及侧根腐朽、脱落，叶柄基部的导管也变褐。被害叶面初现淡绿色小点，后扩大为淡黄色、边缘分界不明显的不规则大斑，叶背病斑上则生灰白色至淡紫色绒状霉层。严重时病斑布满叶片，终致叶片枯黄，不能食用。
