小麦染病后病穗成暗绿色，病株整体矮小，通常仅有健康植株的1/2，分蘖较多且部分不坚挺，爬于地面。病穗颜色在染病初期为灰绿色，逐渐加重后偏黄并最终呈现黄绿色，且多出现扭曲。病株颖壳及麦芒更加分散，肉眼可直接观察到病穗内部麦粒情况。病粒比正常麦粒更短粗，外表有灰白色外膜，碾碎后内部充满黑色粉末，即腥黑穗病的孢子，因含有三甲胺，碾碎后有浓烈鱼腥臭味，故称小麦腥黑穗病。
该病害的病原菌分为小麦网腥黑穗菌和小麦光腥黑粉菌。感染小麦网腥黑穗菌的病穗麦粒外表有网状花纹，而小麦光腥黑粉菌病粒表面光滑无网状花纹。病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末，破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。
病穗略显暗绿色，颖壳和麦芒稍向外张开，露出部分病粒。病粒比好麦粒粗短，初为暗绿色，以后变为灰黑色或淡灰色，外面包着一层灰白色膜，里面充满鱼腥味的黑粉（病菌的厚垣孢子），所以俗称腥乌麦或臭黑疽。病株一般比健株矮小，分孽增多。两种腥黑穗菌的区别：网腥黑穗病菌厚垣孢子的表面有网状花纹，光腥黑穗病菌的表面是光滑的。
