选用耐病品种，播种前对种子消毒。与非瓜类作物实行5年以上轮作。嫁接防病。土壤处理，苗床或大棚常用土壤处理剂有石灰氮、必速灭、棉隆、敌克松、甲霜灵喷施，并同时喷施新高脂膜800倍液增强药效。药剂浸种，用72.2%普力克水剂800倍液加新高脂膜800倍液浸种半小时后催芽。加强田间管理，提高植株抗病能力，应合理施肥，改善透光强度，及时开沟排水，降低田间温度，促进花芽分化；在花蕾期、幼果期和膨果期喷施壮瓜蒂灵，增粗果蒂，促进果实发育，提高黄瓜品质。推广高畦种植，加强防涝，控制田间小气候，控制浇水，尽量小水灌溉，降低田间湿度，保持地面半干半湿状态，创造不利于病原菌传播蔓延而有利于植株生长发育的小环境。覆盖地膜，减少土传病害向上侵染的机会；适时早播，尽量使易感病的苗期错过降雨高峰期。清洁田园，及时拔除病株烧毁，消灭初侵染源。
药剂防治，发现中心病株、病瓜后及时清除，并喷洒58%瑞毒霉锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克600-700倍液，隔5-7天喷1次，连喷3次。采收前10天停止用药。在黄瓜疫病发病前选用波尔多液或者代森锰锌喷雾预防，发病后选用杀毒矾可湿性粉剂、甲霜灵可湿性粉剂、叶霉杀星可湿性粉剂等药剂进行喷施防治。
农业措施：选用抗病品种，如津春3号、津杂3号、津杂4号、中农1101、龙杂黄5号、早丰2号等。选用云南黑籽南瓜作砧木，进行嫁接育苗。采用高畦栽培，覆盖地膜，减少病菌对植株的侵染机会。避免大水漫灌，避免土壤和空气的湿度过高。露地栽培时，雨季要及时排出田间积水，发现中心病株后及时拔除。
消毒处理：种子消毒的有效方法是用25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液浸种30分钟而后催芽、播种。苗床或棚室土壤消毒的方法是每平方米苗床用25%甲霜灵可湿性粉剂8克与土拌匀撒在苗床上，保护地栽培时于定植前用25%甲霜灵可湿性粉剂750倍液喷淋地面。
药剂防治：防治露地黄瓜疫病的关键是从雨季到来前一周开始喷药，每7天1次，连喷3次，可选用的药剂有64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液，25%甲霜灵可湿性粉剂1000倍液，叶霉杀星可湿性粉剂1200～1600倍液，50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液等，实践表明在发病前用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或1:0.8:200倍的波尔多液喷雾保护，防效很好。
