小麦根腐病在茎基部、叶鞘及叶鞘内侧形成黑褐色条斑或梭形斑,根部产生褐色或黑色病斑,后期根系腐烂造成死苗、死穗、死株。病害主要发生在小麦的整个生育期,尤其是苗期。小麦的叶、茎、根、穗均可受害,主要为害根茎部,引起不同程度的茎基腐或根腐。根部发病初期产生褐色或黑色病斑,后期根系腐烂。茎部在茎基部、叶鞘及叶鞘内侧呈现黑褐色条斑或梭形斑,严重时茎基变褐、坏死,基部折断,导致植株倒伏或死株、死穗。叶片病斑初为菱形小褐斑,后扩大至椭圆形及不规则形,严重时整个叶片迅速枯死。穗部受害时,颖壳上形成褐色不规则病斑,穗轴和小穗梗变色,严重时小穗枯死,病穗籽粒秕瘦。种子受害时,病粒胚尖呈黑色,重者全胚呈黑色,病斑梭形,边缘褐色,中央白色,称为“花斑粒”。