苹果花腐病主要为危害花，也能侵染叶、嫩梢等部位。花芽早期感染，变黑枯萎；开后感染，常形成半边畸形花，从花基部到顶端变浅黄色至褐色枯萎，花茎也有一段变黑色。叶片被害，病斑多由叶缘开始向内扩展，呈圆形、椭圆形，扩大后引发叶枯；蔓延到叶柄和嫩梢，产生局部溃疡，病斑呈不规则形，长达2～3厘米，初为浅红褐色，后变深褐色至黑色，嫩梢和叶部病斑上都可产生小黑点。插枝切口也可受到感染。花腐病在叶、花、幼果及嫩枝上都可发生，但以危害花、幼果为主。
花腐症状有两种：一是当花蕾刚出现时，就可染病腐烂，病花呈黄褐色枯萎；二是由叶腐蔓延引起，使花丛基部及花梗腐烂，花朵枯萎。果腐是病菌从柱头侵入，通过花粉管而到达子房，而后穿透子房壁而达果面。幼果豆粒大时果面发生褐色病斑，病斑处溢出褐色粘液，并有发酵的气味，很快全果腐烂，失水后变为僵果，仍长在花丛或果台上。
叶腐在展叶期发病较多，发病初期叶尖、叶缘或中脉两侧产生红褐色小斑点，逐渐扩大呈放射状。病斑沿叶脉向叶柄发展，使叶片枯萎，空气潮湿时于病部产生灰白色霉状物(病菌的分生孢子梗和分生孢子)。枝腐是由病叶、病花、病果继续向下蔓延到新梢，在新梢上产生褐色溃疡病斑，绕枝一周，使病斑上部枝条枯死。
