对喜旱莲子草的防治，应侧重于预防。结合农业措施，在耕翻换茬时花大力气挖除在土中的根茎，然后务必晒干或烧毁；在种群密度较小或新发现的入侵地手工拔除，进行根除。对新入侵的空心莲子草，深挖1m，并彻底焚烧，连续三年，能起到根除的效果。在许多水域依靠人工打捞，但打捞后的植株如不能及时得到有效的处理又会死而复活。通过人工拨除、割刈、中耕除草等措施来进行，可结合农事操作，挖除空心莲子草在土壤中的根茎，就地堆积沤制成肥料或集中晒干和烧毁。尽管该法具有效率低，耗时长的缺点，但在小范围内该法可以从根本上消除空心莲子草的危害，且生态效果好。
