影响畜产品质量安全的主要因素包括兽药、饲料、饲料添加剂的使用，生产环境的控制，产品加工、储存和运输中的物理及化学污染等。具体表现为：动物疫病难控，滥用兽药和非法使用违禁药品，环境污染严重，检疫监管滞后，二次污染，屠宰条件简陋，饲养方式落后。从养殖过程来看，饲料、添加剂、兽药的不合理使用及使用国家违禁物质，饮水质量、应激等也影响畜产品品质。关键因素包括畜禽饲养环境条件、健康无疫病的畜禽、饲料安全、兽药正确使用以及休药期按照有关法规和规章规定。主要问题涉及动物疫病、使用违禁物质、兽药残留、霉菌毒素污染、重金属残留以及微量元素超量使用等。