选用抗病品种，如庆农5号、特大庆红宝等。种植前对种子进行消毒处理，可用55℃温水浸泡15分钟，或播前用2.5%适乐时悬浮剂拌种。采取3年以上轮作方式，选择土壤肥沃、易排水、地势较高的地块种植西瓜。加强肥水管理，施足有机肥和磷钾肥，提高抗病性，定期浇水，及时拔除杂草，雨季增加排水次数。
发病初期可喷洒50%甲霜铜可湿性粉剂700～800倍液，或35%瑞毒唑铜可湿性粉剂800倍液，或70%乙磷·锰锌可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或58%瑞毒霉锰锌可湿粉剂500倍液。每隔7～10天喷1次，连续2～3次，交替使用效果更好。
西瓜疫病又称疫霉病，俗称死秧、卡脖子，由德雷疫霉和辣椒疫霉侵染引起，主要危害茎、叶和果实，苗期和成株期均可染病。发病前可选用丙森锌、吡唑·代森联等药剂预防；发病初期可选用氟菌·霜霉威、烯酰吗啉+霜脲氰、烯酰·氰霜唑、氟吗·锰锌等药剂防治，隔7天左右1次，连喷2-3次。注意轮换用药，防止抗性产生。
农业防治方面，实行与非瓜类蔬菜2年以上轮作，施用充分腐熟的粪肥，用无病土育苗，采用高畦地膜覆盖或高垄栽培。重病地块进行药剂土壤灭菌，可用硫酸铜75～90千克/公顷拌适量细土在定植前均匀撒施在定植沟或定植穴内。合理施肥，增施磷、钾肥，避免偏施氮肥。定植后适当控水，避免田间积水，雨后及时排水。发病后严格控制浇水，禁止下雨前浇水，切忌大水漫灌。发现中心病株及时拔除带到田外妥善处理。
药剂防治方面，掌握在发病前或发病初及时进行药剂喷雾防治，可选用72％克露可湿性粉剂600～800倍液，或72％霜脲·锰锌可湿性粉剂800～1000倍液，或50％荣菌可湿性粉剂600～800倍液，或69％安克·锰锌可湿性粉剂800～1200倍液喷雾防治。保护地种植选用5％百菌清粉尘剂或5％霜霉清粉尘剂15千克/公顷喷粉防治效果更佳。根据此病的发生特点，注意重点防治植株根茎部位和幼嫩部位，必要时中心病区还可用药液灌根。
