水稻穗颈瘟病主要发生在穗颈或穗轴与枝梗上。发病时,病斑呈褐色或灰黑色,从穗颈向下蔓延。随着病菌繁殖,穗颈节坏死,养分输送通道被阻断,导致白穗或瘪粒。穗颈瘟严重影响水稻谷粒的灌浆和饱满成熟,严重时可造成绝收,导致不同程度减产。