粪便污物消毒方法包括生物热消毒法、焚烧消毒法和化学药品消毒法。生物热消毒法中最常用的是发酵池法和堆粪法，能有效杀灭粪便中的细菌、病毒、寄生虫等，同时保证肥料的肥力。对于疑似危险传染病的畜禽粪便，可选择掩埋或焚烧消毒法，而带有细菌芽胞的粪便必须用焚烧法。化学消毒一般使用含2%~5%有效氯的漂白粉溶液或20%石灰乳等化学药品，但由于操作麻烦且效果不理想，实践中较少使用。在农村，粪便污物消毒通常采用堆积发酵处理（生物热发酵消毒法），通过堆积、密封、加热、添加微生物等方式加快发酵速度，提高发酵质量。这种方法能杀灭除芽孢外的所有病原微生物，其原理是：粪便堆积后形成缺氧环境，嗜热厌氧微生物在缺氧环境中大量生长并产生热量，使粪中温度达60-75摄氏度，从而杀死病毒、细菌（除芽孢外）和寄生虫卵等病原体。