全面了解生物肥料的基本资料及其微生物的主要作用和适用作物。掌握施用时间和技术，与有机肥同时施用。施肥后立刻覆土，避免阳光直射，以免杀死微生物，降低利用率。生物肥料不宜与化肥、杀菌剂混用，以免抑制或杀死微生物，影响肥效。防止与未腐熟的农家肥混用，因其发酵过程会杀死生物菌。不同种类的生物肥也不宜混用。正确使用生物菌肥应遵循三原则：选择适合菌株生长的温湿度环境、在作物大量需肥前期使用、作基肥使用效果较好。生物菌肥一般单独施用，不与化肥、农药混用，但可与腐熟农家肥一起使用，避免强光暴晒和干旱缺水，须旋耕入土或覆土。