1.种植抗病品种。
2.加强前期管理，及时中耕，合理施用磷肥。
3.药剂拌种。用25%粉锈宁可湿性粉剂100克干拌50千克种子，或2%戊唑醇可湿性粉剂、25%三唑醇可湿性粉剂按种子重量的0.3%拌种。
4.田间喷药。在锈病初始阶段，每隔10～15天喷1次，连续喷2～3次。常用药剂有15%三唑酮可湿性粉剂1000～1500倍液、25%三唑酮可湿性粉剂1500～2000倍液、25%丙环唑乳油3000倍液、12.5%烯唑醇可湿性粉剂3000倍液等。5%烯肟菌胺乳油及其复配剂20%戊唑醇·烯肟菌胺悬浮剂防效良好。
5.加强栽培管理。实行轮作，清除田间根茬茎秆和落叶；深翻地；合理增施磷钾肥以促进向日葵生长，增强抗病力。合理密植或采用大小行种植，改善田间通透性。施足基肥，平衡施用化肥，及时中耕，合理排灌。
6.合理轮作与间作。轮作时间长短根据病原生物在土壤内存活时间而定，如白术根腐病和地黄枯萎病轮作时间为3-5年。同科属植物或同为某些严重病虫寄主的植物不宜选择为下茬作物。间作物的选择与轮作物相同。
7.收获后及时清除田间病残体，深翻土地，或实行短期轮作，以减少越冬菌源或使之失效；铲除自生葵苗。