水稻纹枯病主要侵染叶鞘、叶片，严重时可侵染茎秆并蔓延至穗部。发病初期，先在近水面的叶鞘上出现暗绿色水渍状斑点，逐渐扩大成椭圆形或云纹状褐色病斑。病斑中部呈灰绿色或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄色或灰白色，边缘暗褐色。发病严重时，数个病斑融合形成不规则云纹状大斑，常致叶片发黄枯死。
叶片受害时，病斑与叶鞘相似，严重时叶片迅速腐烂。茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。湿度大时，病部长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成深褐色菌核，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层，即病菌的担子和担孢子。
