水葫芦有很强的净化污水能力，但大量覆盖河面会造成水质恶化，影响水底生物的生长。其繁殖速度极快，消耗大量溶解氧，几乎成为“污染”的代名词。滇池、太湖、黄浦江及武汉东湖等著名水体均出现过水葫芦泛滥成灾的情况，耗费巨资也无法根治。水葫芦封锁水面，挡住阳光，导致水下植物死亡，破坏食物链，威胁水生动物生存，并阻碍船只通行。此外，水葫芦富集重金属，死后腐烂体沉入水底形成重金属高含量层，杀伤底栖生物。它还阻断航道、影响航运和水流排泄，限制水体流动，减少溶氧量，抑制浮游生物生长，破坏河流生态环境，为血吸虫、脑炎流感等病菌和蚊子幼虫提供滋生地，破坏饮水资源，大大降低水资源使用价值，甚至无法饮用。
