芽苗菜较少发生病虫害，但长期栽培且管理不当也会发生病虫。常见的病害有：
1.种子霉烂：多发生在种子催芽期间，原因包括使用破损、霉烂或失去发芽力的种子，或在高温、高湿条件下腐烂发霉。即使是良好种子，在长期浸水、通气不良、温度过高或过低的情况下也会霉烂。防治方法是选用良种、淘汰劣种，催芽时避免积水，保持适宜的温、湿度和通风。
2.猝倒病、立枯病：苗期根茎部出现水浸状斑，后变褐，导致幼苗猝倒。豆类芽苗菜的根部、根茎部、豌豆的子叶等部位变黑，幼苗生长缓慢。防治方法包括彻底清洗育苗器具，暴晒重复使用的基质，采用温汤浸种消毒，严格控制温度环境，加强通风，降低空气湿度，减少浇水量和次数，改喷灌为浸水灌。
3.叶面病斑：萝卜芽苗菜的子叶上有时出现黑色小麻点，由多种真菌病害引起。防治方法是改喷灌为水浸灌，避免水滴落在子叶上，加强通风，降低空气湿度。
