锈病是黄花菜上一种重要病害，主要危害叶片及花茎。发病初期，叶片及花茎上产生泡状斑点，即病菌的夏孢子堆，初为寄主表皮所覆盖，后表皮破裂散出黄褐色粉状的夏孢子。有时多个夏孢子堆合并成一片，表皮翻卷，叶面上铺盖一层黄褐色粉状夏孢子。在夏孢子堆周围往往失绿而呈淡黄色。如叶片上孢子堆较多时，整个叶片变黄。在黄花菜生长后期，产生黑色长椭圆形或短线状的冬孢子堆。冬孢子堆埋生于表皮下，表皮不破裂。锈病危害严重时，常造成全株叶片枯死，花茎变红褐色，花蕾干瘪或凋谢脱落。发病严重地区，叶片发病率常在50%以上，有时甚至高达100%，一般年份减产10%，严重可达30%以上。