西葫芦褐腐病主要为害花和幼瓜，病菌先侵染萎蔫了的花，致花变褐软腐，病菌从花蒂侵入后逐渐蔓延到幼果，被侵染的果实从顶部向下腐烂，速度很快，同时霉菌出现在腐烂部位，真菌生长出的菌丝和孢子象小的黑色大头针着生在果实上，致幼果迅速腐烂，即果腐。
防治方法包括：与非瓜类作物实行3年以上轮作；采用高畦栽培、合理浇水，严防大水漫灌，雨后及时排水；合理密植，注意通风，防止湿气滞留，最好采用搭架栽培法，改善通风透光条件，产量可提高一倍；坐果后应及时摘除残花、病果，集中深埋或烧毁。
药剂防治方面，可用75%百菌清可湿性粉剂，或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液浸种2小时，冲净后催芽播种。开花至幼果期开始喷洒64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、18%甲霜胺锰锌可湿性粉剂600倍液、70%乙膦锰锌可湿性粉剂500倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液、72%克露或克抗灵或克霜氰可湿性粉剂800倍液、47%加瑞农可湿性粉剂800～1000倍液。对上述杀菌剂产生抗药性时可改用69%安克锰锌1000倍液。棚室栽培西葫芦可用烟剂1号每667m2/400克或45%百菌清烟剂，每667m2/250克熏一夜，省工、省药、易操作、防效高。采收前3～5天停止用药。
此外，种植前应彻底清除前茬作物的所有残余组织，采取高垄或高畦地膜覆盖栽培，精心管理，及时小心清除病瓜、病花和衰败的残花等，避免造成各种伤口，减少病菌侵染机会，雨后或浇水后避免田间积水，保护地加强通风降湿，抑制病害发生发展。
