常见的苹果病害主要包括果实病害、叶部病害、枝干病害和根部病害。果实病害主要有轮纹病、霉心病、炭疽病、锈果病及褐腐病等，其中轮纹病最为严重，发病严重年份病果率高达50%以上，采后贮藏期间烂果更为严重。霉心病、炭疽病和锈果病在各大苹果产区均有发生，造成不同程度危害。
叶部病害包括早期落叶病、白粉病、锈病、黑星病、病毒病、银叶病等，这些病害易引起叶色改变或脱落，大量叶片脱落会削弱树势，降低果实产量和品质。
枝干病害主要有轮纹病、腐烂病、干腐病、溃疡病和木腐病等，其中腐烂病对树体造成的损失最为严重，可引起死枝、树体死亡，甚至导致果园毁灭。轮纹病和干腐病虽不至于导致树体死亡，但会严重削弱树势，并使果实易带菌，加重采后病害的发生。赤衣病在南方果区发病较重，也可引起死枝、死树。
根部病害包括根朽病、紫羽纹病、白绢病、根癌病、白羽纹病、毛根病和圆斑根腐病等，这些病害较难防治，发病严重时往往导致局部或整株枯死，在育苗期和生长期均可造成重大危害。腐烂病、干腐病和枝干轮纹病这3种枝干病害既危害枝干，又侵染果实，病原属弱寄生菌，具有潜伏侵染特点。
