辣椒脐腐病的根本原因是缺钙。土壤盐基含量低、酸化，尤其是砂性较大的土壤供钙不足。在盐渍化土壤上，虽然土壤含钙量较多，但因可溶性盐类浓度高，根系对钙的吸收受阻，也会导致缺钙。施用铵态氮肥或钾肥过多会阻碍钙的吸收。土壤干旱、空气干燥、连续高温时易出现大量脐腐果。辣椒软腐病在6-8月阴天多雨、天气闷热时容易流行。重茬地、排水不良、种植过密、蛀食性害虫为害严重时发病重。辣椒脐腐病主要发生在开花期前后，土壤忽干忽湿，气温忽高忽低，水分、气温变化剧烈，根系活力下降，钙吸收受到抑制，造成钙缺乏。缺钙使细胞间膜破坏，细胞四分五裂，组织坏死，幼果最先呈现缺钙坏死症。
防治措施包括：(1)选择适宜的土壤并注意改良。甜椒宜选择土层深厚、保水性强的砂质壤土栽培，对于过于粘重或沙性过重的土壤，应增施有机肥，改良通透性能，增强保水能力。(2)合理施肥。基肥以充分腐熟的有机肥为主，结合整地施用过磷酸钙。经常发生脐腐病的土壤整地时可适当施生石灰，苗期可用1000倍的氯化钙或硝酸钙喷洒，并可用5毫克/升的NAA，每周1次，直到结果中期。避免使用浓度过高和含氮过多的肥料，施足磷钾肥，氮、磷、钾的比例以4∶12∶4或5∶20∶5为宜，高温干旱条件下，施用化肥量不宜过多。(3)采用地膜覆盖，适量及时灌水。地膜覆盖可保持土壤水分，在保证土壤水分均衡的前提下，高温季节应适当补充水分，避免因植株蒸发量增加而导致缺水。
