辣椒炭疽病在高温、高湿条件下易发病，尤其是雨季或大雨后天气突然转晴、气温急剧上升，或浇水后土壤湿度大易积水时，发病迅速。大棚内湿度大或棚膜上凝水结露也易引发病害。防治药剂包括咪鲜胺、苯醚甲环唑、抑霉唑、苯甲嘧菌酯、溴菌腈、啶氧菌酯、吡唑醚菌酯等。建议使用咪鲜胺、苯醚甲环唑和磷酸二氢钾混合喷雾，每5～7天一次，连用2～3次。
防治措施包括选用抗病品种、实行轮作、种子消毒和加强田间管理。发病初期可选用80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液、79%甲基托布津500倍液或5%百菌清粉尘剂，每7-10天喷一次，防治2-3次。定植前应进行土壤消毒，每亩喷洒3000倍96%天达恶霉灵药液50千克，或撒施70%敌克松可湿性粉剂2.5千克，或70%甲霜灵锰锌2.5千克。定植后每10～15天喷洒一次1∶1∶200倍等量式波尔多液，进行保护。
种子消毒可用55℃温水浸种10分钟，冷水冷却后浸种催芽，或用50%福美双可湿性粉剂拌种，用药量为种子量的0.4%。加强栽培管理，及时摘除病叶、病果，清除病残体，搞好田间卫生。药剂防治方面，预防可用80%大生可湿性粉剂500倍液或78%科博(波尔多液+代森锰锌)可湿性粉剂600倍液。发病初期可选用30%禾益炭克水悬剂750倍液、18%百惠乳油800倍液、50%施保功可湿性粉剂2500～3000倍液或10%世高水分散粒剂1500倍液，每隔5～7天喷1次，连喷2～3次。
