大蒜干腐病在大蒜的整个生育期及贮藏运输期均会发生，植株染病后叶尖发黄或叶面出现浅黄色条斑，有时扩展到鳞茎上，鳞茎上呈水浸状暗色，有时长的白色或粉红色霉。病菌在土壤中越冬，翌年借雨水、灌溉水、线虫的传播。该病由鞭毛菌亚门霜霉属的真菌侵染引起。病菌主要以卵孢子随病残体在土中越冬，也可以菌丝体潜伏在鳞茎内越冬。第二年通过雨水反溅，传到叶片上进行初侵染，潮湿时病部产生大量的孢子囊，主要随气流传播，引起再侵染。雨水和昆虫也能传播，种子能否传播有待研究。夜间凉湿，白天温暖，浓雾重露，土壤粘湿条件有利于该病的发生和流行。施肥不当或氮肥过多、土壤过湿及洋葱生长后期遇高温多雨天气易发病，地蛆为害严重或大水漫灌、田间积水或低洼地块发病重。
蒜种自身携带病菌。长时间的自留地种植，会导致大蒜种性退化；土壤中某一种或几种营养元素缺乏，以及自毒物质和病害的累积，使得蒜种自身就携带病菌，从而导致种植后根系腐烂现象发生。不合理施肥导致土壤恶化。近些年农民朋友大量使用化肥，导致土壤营养不均衡和缺素；使用未充分发酵腐熟的土杂肥、农家肥导致沤根、烧根等不利于大蒜根系生长。重茬种植。大蒜属于不宜连作的作物，大蒜自身体内携带病菌，有的蒜农甚至在同一块土壤上种植大蒜多年。大蒜内部产生自毒有害物质，并且在生长过程中还会分泌一些对自身有害的化毒自感物质，并通过地上淋溶、根系分泌物、病株残体遗留在土壤中。随着大蒜连年种植，这些病菌会逐渐增加，抑制大蒜生长。感染病菌。大蒜感染了白腐病、细菌性软腐病、大蒜小菌核病、大蒜干腐病、大蒜根腐病等病害，都会引起大蒜根部腐烂现象的发生。蒜蛆危害。重茬种植和施用腐熟不完全的农家肥、牲畜粪便，会携带病原菌和虫卵，加大大蒜的死棵危害。
