发病初期，喷1.5%植病灵乳剂1000倍液，抗毒剂1号300倍液，每隔7～10天喷一次，连喷2～3次。收获前7～10天停止用药。田块选择：选择远离毒源种植十字花科菜田、黄瓜田的地块种植。选用抗病品种：品种间抗病性有明显差异，应注意选用抗病、耐病品种。适时播种：秋季避免过早播种，上海地区一般秋季适宜的播种期为10-12月，播种迟病害轻。栽培管理：施足有机肥，增施磷、钾肥，增强寄主抗病力铲除田边杂草，拔除病株。遇有秋旱或春旱要适时浇水，控制发病。
栽培措施选择通风良好、远离萝卜，黄瓜、房屋的地块种植菠菜；适时播种，避免早播；遇到春旱和秋旱，应多浇水，可减轻发病；施足有机肥，增施磷钾肥，提高抗病力。清洁田园在冬前和早春应将田间、地边及垄沟的杂草清除干净，并彻底清除病株，带出田外深埋或烧毁。防治蚜虫及时用药剂防治蚜虫，特别是冬前菠菜苗期、用药种类和浓度可参阅菜蚜防治部分。发病前或发病初期可喷20%病毒A可湿性粉剂500倍液，或5%菌毒清水剂300倍液、抗毒剂1号300倍液，增强免疫力。
菠菜病毒病防治，应采用避蚜、防蚜、加大强栽培管理和选用抗病品种的综合措施。田间始见发病初期还可以用化学药剂进行防治，每隔7-10天用药预防，连续2-3次。及时清除田间杂草。加强田间管理，适时播种，及时浇水降低地温，改变田间小气候。施足有机肥，做到氮、磷、钾配合施用，提高菠菜抗病力。及时防治蚜虫。选喷20%杀灭菊酯2000～3000倍液，或40%乐果1000倍液、50%抗蚜威2000～300倍液等进行防治。发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液，或抗毒剂1号300倍液、20%病毒A可湿性粉剂500倍液等，每10天左右喷一次，一般需连续喷洒2～3次。但由于菠菜生长时间短，一般发病后很少用药，关键在于幼苗期治蚜，搞好预防。
