病菌从因农事操作、机械损伤引起的伤口侵入。底部叶片受肥害后，从叶边缘感染病菌。带菌花粉散落于叶片致使病菌侵入。茎部伤口或病果病叶附着于茎部容易感染。土壤中越冬或残存的病菌从茎基部侵入。灰霉病菌从残留花瓣、未脱落的柱头处侵入。枯死的花瓣、叶片粘贴于果面，致使病菌从果面侵入。
西红柿灰霉病传播途径主要是气流，以及农事操作传播。以分生孢子，借气流、雨水和人们生产活动进行传播。灰霉病对番茄的侵染时期为开花坐果期，病原孢子在病原体内潜伏时间较长。如果番茄已经出现腐烂，灰霉病的侵染孢子已经从花柱或者花瓣侵入了果实内部。病菌主要以菌核(寒冷地区)或菌丝体及分孢梗(温暖地区)随病残体遗落在土中越夏或越冬，条件适宜时，萌发菌丝，产生分生孢子，借气流、雨水和人们生产活动进行传播。分生孢子依靠气流传播，从寄主伤口或衰老器官侵入致病。番茄灰霉病病原为半知菌亚门的灰葡萄孢菌。
