肠腔内充满大量新鲜血液和血凝块或混有血液的黄色干酪样物。病变常限于肠道，肠道发炎、出血、有黏液和渗出物都是球虫病的病理变化，且多数球虫病会产生一些特征性的病变。盲肠受损主要见于柔嫩艾美耳球虫的侵害，两支盲肠显著肿大，可为正常的3～5倍，肠腔中充满凝固的或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，粘膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。外观全身苍白，冠及肉髯轻度萎缩，腿干无光泽。剖检病变主要在小肠，整个小肠略增粗，且粗细不均，浆膜面见有少数点状出血。剪开肠段自动外翻，肠壁明显增厚，肠粘膜粗糙不平，可见多量白色或灰白色的小颗粒突起，肠内有少许黄色或绿色淡薄内容物。