发现病株时，要立即拔掉销毁，以防蔓延。药剂防治可采用以下方法：用40％纹枯利800～1000倍液在向日葵现蕾前或盛花期喷洒植物的下部和花盘背面1～2次；用50％托布津可湿性粉剂1000倍液在现蕾前或盛花期喷洒1～2次；用50％速克灵500～1000倍液在苗期或开花期喷洒，防治效果可达80％以上。根据菌核病的发生规律，当气温达18～20℃、0～5厘米深表土含水量在11％以上、子囊盘开始出土时，是地面撒药的最佳时期，每公顷可用70％五氯硝基苯30～45公斤，加湿润的细土150～225公斤，掺拌均匀后撒在田间，可抑制菌核萌发和杀死幼嫩芽管，抑菌率一般可达91.3％，防治效果达78.5％以上。