病菌以菌核遗留在土中越冬或越夏。当遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，散放出子囊孢子，随雨水和风吹落到植株上，萌发后从伤口侵入寄主引起初侵染，病部长出的菌丝又扩展到邻近植株或通过病健株直接接触进行再侵染，引起发病，并以这种方式进行重复侵染，直到植株死亡或生长条件恶化，又形成菌核落入土中越冬或越夏。茼蒿菌核病的病原菌主要遗留在土中，混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的病原，随播种带病种子进入田间，遗留在土中的病原(菌核)遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子，随风吹到衰弱植株伤口上，进行初侵染。病菌以菌丝体和分生孢子盘在病残体上存活越冬，条件适宜时产生分生孢子进行初侵染和再侵染，借雨水溅射及小昆虫活动传播蔓延。在南方田间菊科蔬菜及花卉周年存在，病菌在寄主作物间辗转传播为害，无明显的越冬期。