鹅曲霉菌病目前尚无有效疗法，关键在于及早预防。治疗时要首先消除病因，更换发霉饲料及垫草，改善饲养条件。在饲料中加入制霉菌素，按每千克150万单位，饮水中加硫酸铜0.03%，两药并用5-7天。也可饮用碘溶液，每千克水中加碘化钾5-10g，或在1000kg饲料中加龙胆紫10g。
防治措施包括保持环境卫生，改善饲养环境，彻底消毒，不用发霉的垫草、垫料和禁喂发霉的饲料。多雨潮湿季节，鹅舍必须每天清扫消毒，保持舍内干燥清洁，使用过的垫草切勿晒后重复使用。发病的鹅群用制霉菌素防治具有一定的效果，每千克饲料拌入100万国际单位饲喂，1日2次，连喂3～5天，同时在饲料中添加脱霉剂（如霉卫宝每吨饲料中加入2.5千克）。